Saya Otonashi, la protagonista, nata diverse centinaia di anni prima dell'inizio della storia, presente sia nell'anime che nel film, matura molto durante la serie. La ritroviamo che soffre di amnesia e che è convinta che la sua famiglia adottiva sia quella reale. Lentamente durante il corso della serie gli torneranno i ricordi e la consapevolezza che soltanto lei può porre fine alla tragedia iniziata molti anni prima.